ハンディで読取ったデータをConvi.BASEへ取り込まずに、再度Convi.BASEからデータ送信をした場合、読取りデータは削除されてしまうか

削除はされません。

棚卸し送信データ（Convi.BASEから送るデータ）と棚卸し受信データ（ハンディで読取ったデータ）は異なるファイルで構成されており、送信を何度実施しても受信データが消えることはありません。

ハンディで読取ったデータは回数にかかわらず追加で書き込まれ、ハンディから棚卸しデータ受信を実施した時に削除されます。